«Нептун», как, впрочем, и все подвесные моторы отечественного производства, не имеет термостатов в системе охлаждения двигателя. Поэтому подача воды насосом в систему охлаждения зависит только от оборотов коленчатого вала и не корректируется по температуре двигателя. Насос установлен достаточно мощный, и двигатель «Нептуна» почти всегда переохлажден. При этом резко возрастает износ в парах трения (зеркало цилиндра, верхний подшипник шатуна), и пропадает значительная часть полезного тепла из камеры сгорания, отводимая в систему охлаждения.
Установка термостата — дело очень сложное. Температуру двигателя можно поддерживать на нужном уровне, поставив термопару под свечу, на цилиндр или в водяную рубашку и отводя «лишнюю» воду через трубку, установленную после насоса с ручной регулировкой. Так как режим работы подвесного мотора под нагрузкой почти постоянен, то частой подрегулировки не потребуется. Вода на выходе из двигателя должна иметь температуру не ниже 45—60° С.
Контролировать температуру воды по сливу из отверстия в головке блока бесполезно, так как оно расположено на входе воды в блок цилиндров и отмечает только поступление воды от помпы.