"но при этом были какие-то скачки - то 750В, то 900В, в этот момент как мне показалось были пропуски в зажигании."
Даже если пропуска зажигания не было, то есть конденсатор разрядился в катушку, но, была залита свеча, и искра не проскочила, или слетел колпак со свечи, или кнопка глушения подключена к управляющей обмотке - выброс будет такой же, до 1100 вольт, а в первых двух случаях ещё и со сменой полярности. По этому когда дизелисты пишут, что для увеличения надёжности я не стал ставить стабилитрон или супрессор на высоковольтную цепь, мне его жалко, и ведь кто то слушает, повторяет. Стабилитроны на 300-400 вольт, или супрессоры лучше включать через резистор 300-500 ом, и не в общую схему, а через свой мелкий выпрямительный мост, прямо к накопительной катушке, иначе конденсатор может разрядиться через стабилитрон и пробить его, пусть разряжается только через тиристор.
Я для летунов ставлю три цепи защиты, на накопительную катушку, как здесь описал, на саму схему 450-500 вольт, и два-три диода на УЭ. За более чем 20 лет было три отказа, по причине установки скутерных катушек зажигания, очень большой ток, по причине отсутствия индуктивности, пробой тиристора.